Руководитель - Думбадзе Олег Соломонович, к.м.н, врач-инфекционист высшей категории.
Свои истоки лаборатория берет из Ростовского НИИ медицинской паразитологии Министерства здравоохранения РФ. Датой основания института является 2 июля 1934 г., когда Постановлением Совета Народных Комиссаров РСФСР № 581 был создан Азово-Черноморский краевой тропический институт на базе паразитологического отделения Северо-Кавказского института санитарии и эпидемиологии. В 1940 году Постановлением СНК СССР №220 Азово-Черноморский краевой тропический институт был преобразован в Институт малярии и медицинской паразитологии Комиссариата здравоохранения РСФСР, в последующем, после ликвидации малярии на территории РСФСР, в Ростовский научно-исследовательский институт медицинской паразитологии МЗ РСФСР.
Ростовский научно-исследовательский институт медицинской паразитологии в дальнейшем вошел в состав НПО «Ростэпидкомплекс» (1987 г.), НПО «Биопрепарат» (1991 г.), Ростовский НИИ микробиологии и паразитологии (с 1994 г. по настоящее время).
Первым директором Ростовского НИИ медицинской паразитологии (1934-1944 гг.) был к.м.н М.А. Мишнаевский. Во главе института в течение 25 лет (1944-1969 гг.) стоял крупный советский ученый-паразитолог, лауреат Государственной премии СССР, доктор медицинских наук профессор С.Н.Покровский. В последние годы существования института как самостоятельного учреждения им руководил к.м.н. Кочетков А.А. (1973- 1987 гг.).
Директор института доктор медицинских наук, профессор С.Н. Покровский - лауреат Государственной премии СССР
(1944-1969 гг.)
Директор Ростовского НИИ медицинской паразитологии Кочетков А.А.
(1973 - 1987 гг.)
После освобождения г. Ростова-на-Дону от немецко - фашистских захватчиков началось глубокое развертывание научно - исследовательских работ. Была изучена заболеваемость малярией на юго-востоке РСФСР, осуществлены противомалярийные мероприятия, обеспечившие резкое снижение заболеваемости малярией в СССР и ликвидацию ее как массового заболевания (С.Н. Покровский с соавт.). Изучены причины и условия, способствующие и препятствующие восстановлению очагов малярии (В.К.Спудис, Л.И Лайзерман, В.М.Митарновский, В.П. Половодова и др. сотрудники института), разработаны интегрированные методы борьбы с комарами (М.А. Шумков, Л.Я. Ильченко).
Главное внимание в тематике института с 1960 г. отводится изучению эпидемиологии и организации мероприятий по борьбе с основными гельминтозами человека, распространенными на территории Европейской части РСФСР: аскаридоз, трихоцефалез, анкилостомидозы, стронгилоидоз, трихинеллёз, энтеробиоз, филяриатозы, тениаринхоз, гименолепидоз (С.Н.Покровский, Г.Г. Будагова, Р.С.Ермолова, Т.Ф. Лохманова, Л.М.Попова, Л.К.Горячева, Л.П. Савченко, А.Ф. Прохоров, Ю.И. Исупов, А.А.Кочетков, Ю.И.Васерин, Т.И. Твердохлебова, С.А.Нагорный, А.В. Маркин, А.В. Упырев, А.А.Артамонова, А.А.Намитоков). Проводилось изучение лямблиоза, балантидиоза и других протозойных болезней кишечника (Г.Г.Будагова, Т.В. Головань), изучение природно-очаговых заболеваний и разработка мероприятий по борьбе с ними (В.Н.Семенова, П.Е.Золотов, Н.Б. Бируля, М.А.Шумков, А.Г. Алексеев-Малахов).
В этот же период были начаты разработки в области санитарной паразитологии, связанные с изучением эпидемиологии паразитарных болезней, совершенствованием методов лабораторного контроля, индикации паразитарных патогенов в субстратах внешней среды, а также подготовкой методической базы к нормированию, контролю и оценке степени значимости контаминированных объектов. Начало работ по санитарной паразитологии в институте связано с именами таких ученых, как Н.И. Ланг, И.В. Наумова, Т.М. Савченко, Ф.И.Буц, Л.М. Попова, Л.Р.Хах-Кельдян, Р.С.Ермолова, А.А.Намитоков, В.Г. Бережная и др. В последующие годы в этом направлении работали В.Н.Канцан, Т.Б.Митяева, Л.Л.Димидова, Е.П.Хроменкова, Л.В.Гримайло, А.В.Учуаткин, В.М.Петлин, Н.В.Орлов, В.К.Сапач, А.В.Упырев.
В настоящее время лаборатория располагается в новом лечебно-диагностическом корпусе. Научные исследования лаборатории направлены на изучение экосоциальных особенностей функционирования очагов паразитозов и условий реализации эпидпроцесса при паразитарных болезнях на различных территориях. Исследования проводятся как составная часть социально - гигиенического мониторинга в различных направлениях.
На базе лаборатории создан и осуществляет свою деятельность референс-центр по санитарно-паразитологическому мониторингу и мониторингу за ларвальными гельминтозами.
Лабораторией в разные годы руководили к.м.н. Ф.И.Буц, к.м.н Р.С.Ермолова, д.м.н. В.К.Сапач, а с 1985 г. по 2011 г. – Заслуженный деятель 
науки РФ, д.м.н., профессор Ю.И.Васерин.
Научный потенциал лаборатории представлен высококвалифицированными сотрудниками, с большим опытом работы, такими, как к.м.н. Е.П.Хроменкова, к.м.н. О.С.Думбадзе, к.б.н. С.А.Нагорный, к.м.н. А.В.Упырев, к.м.н. Л.Л.Димидова, и молодыми специалистами, сотрудниками, к.б.н. Л.В. Шишканова, И.Ю.Криворотова, И.В.Хуторянина.
Результаты деятельности.
В последние годы на различных территориях России проведены мониторинговые санитарно-паразитологические исследования объектов окружающей природной среды, позволившие дать оценку эффективности работы очистных сооружений канализации с представлением данных по дегельминтизации и дезинвазии сточных вод и их осадков, степени контаминации паразитарными патогенами почвы, песка, воды открытых водоемов. Обобщены и проанализированы материалы по паразитологической паспортизации 2248 объектов очистных сооружений канализации (ОСК) в Южном, Центральном и Северо - Западном федеральных округах. Полученные экстенсивные и интенсивные показатели обсемененности паразитарными патогенами воды открытых водоемов некоторых территорий юга России и результаты контроля за эффективностью дегельминтизации и дезинвазии сточных вод и их осадков на ОСК, позволили осуществить анализ взаимосвязи контаминации поверхностных водных объектов в связи с приуроченностью выпусков стоков с ОСК.
Выявлены причины снижения качества санитарно - паразитологических исследований и санитарно-паразитологического мониторинга: необоснованный выбор объектов и методов исследования, ошибки в отборе, в доставке и хранении 
материала, отсутствие правильного алгоритма исследований, использование несоответствующих НМД по оценке результатов, упущение в представлении определяемых показателей, ошибки в формировании выводов и заключений. На основании анализа причин снижения качества санитарно- паразитологического мониторинга разработаны предложения по его оптимизации.
Показана приоритетность использования метода инструментального смыва с однородных эпидзначимых предметов обихода в оценке риска заражения энтеробиозом. Разработаны критерии оценки степени интенсивности контаминации яйцами остриц эпидзначимых объектов.
Разработана и усовершенствована система эпиднадзора за трихинеллезом на юге России, что привело к снижению заболеваемости населения в 2004-2005 году в 6-12 и более по сравнению со среднегодовыми показателями 1990-2003 гг. Разработаны новые методы диагностики трихинеллеза. Культуральный эритроцитарный трихинеллёзный диагностикум для РНГА и РНИФ внедрен в практику. Благодаря его использованию стала возможной расшифровка крупномасштабной вспышки трихинеллёза завозного характера в Крымском районе Краснодарского края (2001 г.).
Изучены основные клинико-иммунологические, эпидемиологические и эпизоотологические характеристики токсокароза на юге России
. Результаты свидетельствуют о важности и необходимости сероэпидемиологического мониторинга за гельминтозами для оценки напряженности эпидпроцесса при гельминтозах на различных территориях ЮФО.
Установлена циркуляция на юге России двух видов нематод, передающихся трансмиссивным путем: Dirofilaria repens и Dirofilaria immitis. Описаны их биологические свойства, вопросы эпидемиологии и эпизоотологии и подтверждена роль комаров в распространении этой инвазии.
Рассчитаны температурные модели дирофиляриоза для городов Ростов-на-Дону, Анапа, Астрахань, Великий Новгород, дана оценка возможности применения температурных моделей для прогнозирования распространения дирофиляриоза человека и животных. Изучена возможность дифференциации видов D. repens и D. immitis методом масс-спектрометрии. Разработаны географические карты распространения дирофиляриоза. Подготовлено две серии антигена D.repens и изготовлен диагностикум D.repens и одна серия D. immitis. Полученный соматический антиген D. immitis (патент на изобретение РФ №2525688 от 23.06.14 «Способ получения соматического очищенного антигена D. immitis) позволит разработать диагностикум и внедрить в ветпрактику отечественные тест-системы для определения зараженности собак сердечным дирофиляриозом.
