Руководитель - Журавлёв Пётр Васильевич, доктор медицинских наук.
В составе лаборатории работают две группы:
- группа санитарной микробиологии водных объектов, руководитель зав. лабораторией, д.м.н. Журавлёв Пётр Васильевич (4 этаж, кабинет № 406, тел.8(863) 234-70-55, вн. 133;
- группа микробной экологии человека, руководитель ведущий научный сотрудник, к.б.н. Гапон Марина Николаевна (3 этаж, кабинет № 318, тел.8(863) 234-90-85, вн. 126.
Научный потенциал лаборатории представлен докторами и кандидатами наук.
Основным научным направлением группы санитарной микробиологии водных объектов является изучение бактериального состава водных объектов и оценка микробного риска возникновения острых кишечных инфекций, передаваемых водным путём.
Санитарно-гигиеническая лаборатория, как самостоятельное подразделение института, была организована в 1952 г. для решения вопросов гигиены водоснабжения и санитарной охраны водоемов на территории юга России и 
Северного Кавказа. За период существования лаборатории ее название менялось несколько раз, но неизменным остаются основные направления научных исследований – мониторинг микробной контаминации водных объектов и влияние условий водопользования на здоровье населения. В решении этих актуальных проблем лаборатория является единственной научной структурой в Южном федеральном округе.
Лаборатория в своей деятельности всегда следует новым и принципиальным направлениям в гигиенической науке, работая в тесном контакте с ведущими гигиеническими институтами страны (ФГБУ "НИИ экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина" МЗ РФ, ФБУН «Федеральный научный центр гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана» Роспотребнадзора), службой Роспотребнадзора Ростовской области, Донским бассейновым водным управлением Федерального агентства водных ресурсов, Управлением эксплуатации Цимлянского водохранилища, Цимлянской гидромет-обсерваторией и др. учреждениями.
Для оптимизации работы по обнаружению микрофлоры в водной среде в лаборатории разработан ряд питательных сред: среда накопления микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae и неферментирующих грамотрицательных бактерий, среда накопления сальмонелл, среда накопления шигелл, дифференциально-диагностическая среда для выделения Pseudomonas aeruginosa, усовершенствованы питательные среды для выделения клебсиелл и протеев из водных объектов, а также разработан стимулятор роста Haemophilus influenzae.
Перспективными являются исследования по оценке микробного риска возникновения бактериальных кишечных инфекций при водопользовании населения, которые лаборатория проводит совместно с коллегами из ФГБУ "НИИ экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина" МЗ РФ и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора в городах Ростов-на-Дону, Азов и Цимлянск.
По результатам работы защищено 8 кандидатских диссертаций и 1 докторская, получено 6 авторских свидетельств и 5 патентов на изобретение, подготовлены и опубликованы методические и нормативные документы.
Основным научным направлением группы микробной экологии человека, руководимой к.б.н. Гапон М.Н., является теоретическое обоснование разработки новых подходов к коррекции и профилактике дисбактериозов кишечника и глотки. Изучаются отношения микроб-хозяин в различных биотопах организма человека кишечника с целью выяснения патогенетических механизмов развития дисбактериозов.
При изучении отношений микроб-хозяин в биотопах толстого кишечника при дисбактериозах, обусловленных разными причинами, выявлены изменения местной неспецифической резистентности и метаболизма, способствующие развитию условно-патогенных микроорганизмов, определено влияние на эти показатели современных пробиотических препаратов, продуктов функционального питания. По результатам исследования защищены 3 кандидатские диссертации, получено регистрационное удостоверение на медицинскую технологию «Диагностика местных метаболических и иммунологических изменений при дисбактериозах кишечника», получены и внедрены в научно-исследовательскую деятельность патенты изобретения, предложены методические рекомендации по возможност использования результатов при коррекции дисбактериозов.
Мощная теоретическая и практическая база позволяет сотрудникам лаборатории оказывать высококвалифицированную помощь населению путем выполнения анализов на дисбактериоз и определения микрофлоры в различных биотопах организма человека. По результатам анализов проводятся консультации к.б.н. Гапон М.Н.
В лаборатории работают высококвалифицированные специалисты, настоящие энтузиасты, заинтересованные в результатах своего труда, направленного на обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
