Бактериологический институт (так назывался Ростовский научно- исследовательский институт микробиологии и паразитологии) был основан в 1909 г. на базе лаборатории по производству противодифтерийной сыворотки (1895 г.) и пастеровской станции Николаевской больницы (1904 г.). Первым директором института был прозектор больницы С.Н. Предтеченский. Основной задачей института была борьба с опасными инфекциями.
На протяжении более чем ста лет структура института неоднократно менялась. В 1934 году из его состава выделены самостоятельные профильные институты: Институт тропических болезней, Ростовский противочумный институт, Институт коммунальной гигиены, Станция защиты растений. В 1987 году были объединены два родственных ростовских института: НИИ эпидемиологии, микробиологии и гигиены и НИИ медицинской паразитологии и на их базе создан Ростовский НИИ микробиологии и паразитологии.
С историей института связаны имена выдающихся ученых, руководивших и работавших в институте в разное время, внесших существенный вклад в развитие отечественной микробиологии, эпидемиологии, паразитологии: П.Ф.Здродовского, З.В.Ермольевой, М.П.Покровской, В.А.Барыкина, М.И.Штуцера, А.И.Миллера, С.Н.Покровского, И.Г.Иофф, М.И.Сергееева, Я.В.Режабека, Т.Д.Янович, А.А.Кашаевой, А.Г.Никонова, Г.А.Баландина, В.Н.Милютина, А.Г.Близниченко, В.И.Ермолова, Н.В.Карницкой, Н.М.Благовещенской, А.Ф.Прохорова, С.В.Соболевой, А.П.Шепелева и других.
В настоящее время структура института представлена научными лабораториями, клиникой инфекционных и паразитарных болезней, Южным окружным центром по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями. Приказом руководителя Роспотребнадзора № 88 от 17.03.2008 на базе института создан Референс-центр по санитарно-паразитологическому мониторингу и мониторингу за ларвальными гельминтозами. Более 25 лет институт возглавлял Заслуженный деятель науки РФ, Лауреат Государственной премии в области науки и техники, профессор, доктор медицинских наук Александр Павлович Шепелев. В настоящее время директором института является доктор медицинских наук Татьяна Ивановна Твердохлебова. Сегодня в институте работают 150 человек. В их числе – ученые высокой квалификации: доктора наук Т.И. Твердохлебова, Э.А. Яговкин, А.В. Алешукина, П.В. Журавлев, Н.Ю. Пшеничная, В.В. Карташев, а также 15 кандидатов наук.
Основными научными направлениями института на протяжении всей его истории были проблемы кишечных, природно-очаговых инфекций, малярии, паразитарных болезней. Трижды сотрудники института удостаивались Государственных премий в области науки и техники: 1) за разработку живой туляремийной вакцины и способа ее введения (30-е годы) – профессор Б.Я. Эльберт и Н.А. Гайский; 2) за разработку и внедрение в практику комплексной системы мероприятий по резкому снижению заболеваемости малярией и ликвидацию ее как массового заболевания (1952 г.) – профессор С.Н. Покровский с группой ученых и организаторов здравоохранения; 3) за разработку и внедрение препаратов лактоглобулинов для лечения и профилактики острых кишечных инфекций и дисбактериозов у детей (1996 г.) – группа сотрудников института под руководством д.м.н. С.В. Соболевой.
С 80-х годов прошлого века и по сегодняшний день в институте развивается биотехнологическое направление – разрабатываются препараты для лечения, профилактики и диагностики инфекционных и паразитарных болезней для нужд практического здравоохранения. Разработана технология производства лактоглобулинов. Их применение в практике здравоохранения для лечения острых кишечных заболеваний и дисбактериозов повысило эффективность лечения, снизило побочные эффекты антибиотикотерапии.
Разработана и с 1999 г. производится на базе института противолептоспирозная вакцина. Использование новой вакцины для профилактики лептоспироза на эндемичных территориях Южного федерального округа в комплексе с противоэпидемическими мероприятиями снизило показатели заболеваемости.
В рамках ФЦП «Предупреждение и борьба с социально значимыми заболеваниями (2007-2011 годы)», подпрограммы «Вакцинопрофилактика» разработана и зарегистрирована отечественная гемофильная конъюгированная вакцина, в 2014 году произведены первые партии вакцины.
Разработаны тест-системы для диагностики вирусных инфекций: рота-, адено-, реовирусной инфекции. Применение диагностической системы «Ротатест» способствовало расшифровке роли ротавирусов в этиологии кишечных инфекций.
Разработаны питательные среды диагностические и для культивирования и накопления микроорганизмов (бифидо- лактобактерий, сальмонелл, шигелл) на основе отечественных компонентов, в том числе на основе отходов лактоглобулинового производства. Новые питательные среды используются баклабораториями при изучении микробной экологии организма человека, идентификации возбудителя, обнаружении его в водных объектах.
Трихинеллезный диагностикум и система эпиднадзора за трихинеллезом, разработанные в институте и примененные в практике здравоохранения, способствовали снижению заболеваемости трихинеллезом на юге России.
Большинство разработок института защищены патентами РФ, всего получено более 100 патентов и авторских свидетельств на изобретения.
Заслуживает внимания деятельность института по проведению санитарно-гигиенических и санитарно-паразитологических исследований. Институтом проводится микробиологический мониторинг возбудителей бактериальных кишечных инфекций водоемов Юга России, разрабатываются методические подходы к обнаружению патогенных и условно-патогенных микроорганизмов в объектах водной среды, осуществляется санитарно-паразитологический и сероэпидемиологический мониторинг возбудителей паразитарных болезней, позволяющий дать медико-географическую характеристику по паразитозам некоторых территорий Юга России. Разработаны и внедрены ряд методических и нормативных документов по вопросам диагностики, профилактики паразитарных болезней, контроля окружающей среды, что способствовало снижению заболеваемости паразитарными и инфекционными болезнями на территории России.
Институт участвует в федеральных целевых и региональных программах, направленных на обеспечение эпидемиологического благополучия населения в комплексе с научными учреждениями (НИИ экологии человека и гигиены окружающей среды им.А.И.Сысина РАМН, ИМПиТМ им. Е.И.Марциновского ММА им И.М.Сеченова, НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова, ГИСК им. Л.А.Тарасевича и др.) и органами Роспотребнадзора.
В комплексе с научным подразделением института работает клиника паразитарных болезней, единственное на Северном Кавказе специализированное учреждение, оказывающее медицинскую помощь по этому профилю. Ежегодно в клинике обследуется и пролечивается около тысячи больных из разных регионов Юга России.
С 1989 г. на базе института функционирует Южный окружной центр по профилактике и борьбе (ЮОЦПБ) со СПИДом и инфекционными заболеваниями, который за период своего существования внес большой вклад в организацию и становление на Юге страны учреждений службы по профилактике и борьбе со СПИДом. С целью совершенствования системы эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией на окружном уровне специалистами Центра разработана компьютерная программа для слежения за эпидемиологической ситуацией, которая зарегистрирована в МЗ РФ в фонде компьютерных программ. Лаборатория ЮОЦПБ со СПИДом является единственным подразделением лабораторной службы ЮФО, в которой с 2006 г. определяется резистентность ВИЧ к антиретровирусным препаратам для всех учреждений службы СПИД округа.
